如果公司申請的商標是可以對商標進行轉讓的，在對商標進行轉讓的時候需要簽訂協議，如果雙方簽訂的協議是不合法的應該怎樣進行處理?
商標轉讓協議協議不合法應該如何處理？
可以重新進行簽訂。
商標轉讓指的是商標權利人將商標所有權轉讓給他人，其方式可以是買賣，也可以是以商標出資或者是贈送等，轉讓的商標包括已經取得注冊的也包括已經申請但尚未獲準注冊的商標。關于商標轉讓的手續，轉讓注冊商標的，轉讓人和受讓人應當簽訂轉讓協議，并共同向商標局提出申請。受讓人應當保證使用該注冊商標的商品質量。轉讓注冊商標經核準后，予以公告。受讓人自公告之日起享有。
轉讓注冊商標的，轉讓人和受讓人應當向商標局提交轉讓注冊商標申請書。轉讓注冊商標申請手續由受讓人辦理。商標局核準轉讓注冊商標申請后，發給受讓人相應證明，并予以公告。轉讓注冊商標的，人對其在同一種或者類似商品上注冊的相同或者近似的商標，應當一并轉讓；未一并轉讓的，由商標局通知其限期改正；期滿不改正的，視為放棄轉讓該注冊商標的申請，商標局應當書面通知申請人。對可能產生誤認、混淆或者其他不良影響的轉讓注冊商標申請，商標局不予核準，書面通知申請人并說明理由。
關于商標轉讓的辦理，需要注意的是：
(1)注冊商標的轉讓，在轉讓人與受讓人簽訂《轉讓協議》后，還需共同到國家商標局申請核準，只有在國家商標局核準轉讓以后，受讓人才正式取得商標專用權；
(2)在同一種或者類似商品上注冊的相同或者近似的商標，應當一并轉讓，否則，商標局將視為放棄轉讓申請；
(3)商標局受理轉讓申請后，對于符合法律規定，予以核準，不符合法律規定的，則將不予核準。
實踐中，一些企業與他人簽訂《商標轉讓協議》，把轉讓款支付完并使用商標或者拿到對方的《商標注冊證》以后，就不去辦理商標轉讓核準手續了。沒有取得商標局的轉讓核準手續，等于該商標所有權仍在轉讓人的名下，在法律上轉讓人仍是該商標的專用權人，受讓人并沒有取得法律認可的商標所有權，因此，我們強調，在訂立《商標轉讓協議》之后，一定要去辦理商標轉讓申請，并取得商標局核發的《注冊商標轉讓證明》，否則，對受讓人來說，這是一個巨大的法律風險。
以上內容就是相關的回答，如果雙方簽訂的協議是不合法的，那么簽訂的協議就無法生效，這個時候可以重新進行簽訂，簽訂了協議之后還需要到相關的部門進行登記，一定要確保協議是合法的，并且能夠生效。